A Viterbo, città in cui il barocco non produsse certamente opere di eccelso valore, un’eccezione per quanto riguarda tale stile è costituita da questa imponente chiesa realizzata dalla Confraternita del Gonfalone (esistente già nel XII secolo e il cui fondatore fu S. Bonaventura).
Essa fu dedicata al Battista in quanto la congregazione si unì nel 1561 alla Compagnia di S. Giovanni radicata nel lontano XII secolo.
La Confraternita si occupava soprattutto di raccogliere oboli per riscattare i cristiani prigionieri dei Turchi in Terrasanta.
La chiesa, la cui lunga realizzazione durò dal 1665 al 1726, si può considerare un’espressione totale dell’arte viterbese dell’epoca: nonostante la provenienza romana dei progettisti, vicini al Borromini, i costruttori e i pittori che dipinsero l’interno furono tutti di estrazione locale. Tutto l'edificio sacro, ad esclusione della facciata, fu completato nel 1694 su progetto di Francesco Maria Baratta, che progettò la chiesa del Gonfalone come semplice appostamento di due spazi longitudinali dalla profondità limitata creando due ambienti originariamente distinti: la cosiddetta residenza dove si riunivano i confratelli , e la navata unica della chiesa. Nel 1726 su progetto dell'architetto romano Francesco Ferruzzi, si portò a termine la facciata caratterizzata dal rivestimento in peperino e dall'andamento concavo che si ripete anche nella scalinata. Sul portale si trovano gli stemmi del vescovo Sermattei (1719-1731) e quello di Benedetto XII (1724-1731). All'interno troviamo uno dei più stupefacenti e raffinati complessi della pittura barocca viterbese, quasi un museo che raccoglie la produzione dei maggiori artisti della città, realizzata nell'arco di un anno, dal settembre 1756 al febbraio 1757.
La Gloria dell'Empireo, dipinta nella volta, fu realizzata da Vincenzo Strigelli (1713-1769), inquadrata dalle architetture prospettiche di Giuseppe Marzetti; nella lunetta dell'arco trionfale Anton Angelo Falaschi (1702-1768) dipinse il Battista alla presenza di Erode; mentre in posizione corrispondente, ma in contro facciata, Domenico Corvi realizzò un vero capolavoro sulla Decollazione del Battista. Nel 1746 Nicola Salvi, l’ideatore della fontana di Trevi a Roma, progettò l'altare maggiore al di là del quale troviamo il coro affrescato con scene della storia del Battista. Sulla parete di fondo del coro trovava posto uno dei capolavori della pittura viterbese: lo stendardo processionale dipinto da Giovan Francesco Romanelli. attualmente in restauro e sostituito da una copia. Ai lati dell’altare maggiore sono due figure allegoriche di Sebastiano Carelli di Montefiascone (1772) che rappresentano la Scienza e la Religione. Le pitture monocrome dell’oratorio sono dei romani Giuseppe Rosa e Pietro Piazza (1747) con raffiguranti la vita del Battista. Il coro ligneo del viterbese Carlantonio Morini è del 1834. Nella chiesa si venera la statua della Madonna del Carmelo portata in processione a metà mese di luglio.